热启动荧光定量PCR仪是除了好的引物设计之外，提高PCR特异性重要的方法之一。尽管Taq DNA聚合酶的佳延伸温度在72℃，聚合酶在室温仍然有活性。因此，在进行PCR反应配制过程中，以及在热循环刚开始，保温温度低于退火温度时会产生非特异性的产物。这些非特异性产物一旦形成，就会被有效扩增。在用于引物设计的位点因为遗传元件的定位而受，如定点突变、表达克隆或用于DNA工程的遗传元件的构建和操作，热启动PCR尤为有效。
　　限制Taq DNA聚合酶活性的常用方法是在冰上配制PCR反应液，并将其置于预热的荧光定量PCR仪。这种方法简单便宜，但并不能抑制酶的活性，因此并不能消除非特异性产物的扩增。
　　热启动通过抑制一种基本成分延迟DNA合成，直到荧光定量PCR仪达到变性温度。包括延缓加入Taq DNA聚合酶在内的大部分手工热启动方法十分烦琐，尤其是对高通量应用。其他的热启动方法使用蜡防护层将一种基本成分，如镁离子或酶，包裹起来，或者将反应成分，如模板和缓冲液，物理地隔离开。在热循环时，因蜡熔化而把各种成分释放出来并混合在一起。类似手动热启动方法一样，蜡防护层法比较烦琐，易于污染，不适用于于高通量应用。
　　Transitor®Hot Start Taq酶对于自动热启动PCR来说可靠。Transitor®Hot Start Taq是在常规Taq酶的基础上进行了化学修饰，使得该酶在低温或常温下没有酶活，因此在加样至PCR扩增前，不会产生由于引物随机粘连而形成的非特异性扩增。高温条件下，化学修饰集团会被剪切，从而释放酶活。此外，随着荧光定量PCR仪扩增的进行，酶活会被逐步释放，有效提高扩增效率及产物量。Transitor®Hot Start Taq DNA聚合酶在变性步骤的95℃保温过程中要持续20分钟才会被释放到反应中，从而恢复聚合酶活性。