荧光定量PCR仪可标记有荧光素的探针与模板DNA混合后，完成高温变性，低温复性，适温延伸的热循环，并遵守聚合酶链反应规律，与模板DNA互补配对的探针被切断，荧光素游离于反应体系中，在特定光激发下发出荧光，随着循环次数的增加，被扩增的目的基因片段呈指数规律增长，通过实时检测与之对应的随扩增而变化荧光信号强度，求得CT值，同时利用数个已知模板浓度的标准品作对照，即可得出待测标本目的基因的拷贝数。
　　荧光定量PCR仪在临床疾病诊断上有着重要的意义，一起来看看：
　　1.荧光定量PCR仪在结核菌检测中的应用及意义
　　结核菌基因诊断的意义主要表现在：区分TB与其它分枝杆菌；检测TB耐药基因；提高TB的阳性检出率。
　　2.荧光定量PCR仪在HBV检测中的应用及意义
　　了解乙肝病毒在体内存在的数量；是否复制；是否传染，传染性有多强；是否有必要服药；肝功能异常改变是否由病毒引起；判断病人是适合用哪类抗病物；判断药物治疗的疗效。
　　3.荧光定量PCR仪在CT检测中的应用
　　CT是非淋菌性尿道炎的主要病原微生物之一，有时还可引起不育等其它疾病。CT为专性细胞寄生性，一般培养不能生长，只有在活细胞内才能增殖复制，实验室通过细胞培养观察包涵体。但因操作复杂，技术要求高，需时间长，并不适于临床检测。免疫学方法有直接免疫荧光法、EIA法等，但这两种方法无论是检测抗原还是抗体阳性率均不足50%，用单抗会丢失位点、多抗有交叉反应，在高危人群筛查中常与、链球菌、淋球菌等发生交叉反应使其特异性受到影响，因此，国内外专家一致认为CT的基因诊断方法应定为“金标准”。