（1）凝胶成像：可以对蛋白质凝胶，DNA凝胶，RNA凝胶样品进行图象采集，并可应用成像系统自带软件直接进行分析。样品包括：EtBr、SYBR Green、SYBR Gold、Texas Red、GelStar、Fluoroscecin、 Radiant Red等染色的核酸凝胶；以及Coomassie Blue、SYPRO Orange、银染的蛋白质凝胶等。

（2）其他样品成像：96孔板、培养皿等白光或自然光可激发的样品成像。用成像系统成像由于焦距、光圈等参数可固定，图像质量更加均一，要优于手持相机拍摄。

（3）半定量分析：根据分子量标准的分子量和浓度，可以对核酸或蛋白质的分子量、浓度、相对含量等进行半定量分析。该分析主要是根据条带的位置和条带亮度与分子量标准的位置及亮度比对得到的结果，该结果要远准确于肉眼的观察和估计。另外，有些系统可进行遗传树分析和VNTRs等分析（如北京赛智ChampGel, SmartGel凝胶成像系统），可以便于在遗传学水平上进行分析。

（4）菌落计数分析：可以对培养皿上的菌落进行计数，可以降低手动计数带来的误差。

（5）点杂交分析：微孔板或膜上的杂交反应进行定性和半定量分析，可以根据阈值分辨出阴性和阳性杂交，并计算出浓度值。

（6）测量分析：对样品的长度进行测量，适用于生物样本的长度测量，抗生素效价的计算等。